Das Amtshaus Koldingen hat eine wechselvolle Geschichte, die bis ins Mittelalter zurückreicht:
Ursprünglich befand sich an seinem heutigen Standort eine um 1450 erbaute Burg, genannt „Oberste Borch“. Diese wurde erstmals 1458 urkundlich erwähnt und war eine Anlage des Bischofs von Hildesheim. Die Burg diente zur Sicherung eines Leineübergangs und war an der Grenze zu welfischem Territorium gelegen, was wiederholt zu Konflikten führte.
Während der Hildesheimer Stiftsfehde zwischen 1519 und 1523 wurden sowohl die Oberste Borch als auch die benachbarte Wasserburg Koldingen zerstört.
Nach dem Quedlinburger Rezess 1523 wurde Koldingen dem welfischen Fürstentum Calenberg zugesprochen. Später, 1585, fiel der Besitz an die Wolfenbütteler Linie der Wellen.
1593 ließ Herzog Heinrich Julius von Braunschweig-Wolfenbüttel das heutige Amtshaus im Stil der Renaissance erbauen. Der Bau ist ein zweigeschossiger Bruchsteinbau mit einem charakteristischen kleinen Rundturm an der Ostseite und diente fortan als Verwaltungssitz für das Amt Koldingen.
Das Amtshaus blieb bis zur Auflösung des Amtes im Jahr 1824 Verwaltungsgebäude. Mit der Zeit wurde das Gebäude in Privatbesitz überführt und befindet sich heute im Eigentum der Familie von Einsiedel-Syhra.
Am Amtshaus wurde 1593 eine kleine Kapelle errichtet, die mehrfach saniert wurde und ebenfalls noch heute besteht.
Das Amtshaus und sein Vorgängerbau sind somit Zeugen jahrhundertealter Territorialkonflikte und der abwechslungsreichen Geschichte der Region südlich von Hannover. Das Gebäude ist heute ein erhaltenes Beispiel der Renaissance-Baukunst in Niedersachsen und Bestandteil des historischen Erbes von Koldingen.